Sobrenome toponímico de origem alemã, associado à localidade de Ellern, na Renânia-Palatinado. O étimo vem do baixo-alemão eller para Erle, “amieiro”, nome de uma árvore de pequeno porte que cresce às margens de um curso d’água. Pode ter relação com outras localidades e até mesmo com os riachos de nome Elnere (Elera ou Alira), afluentes dos rios Reno, do Mosela e Nahe.
O sobrenome chegou ao Brasil no começo do século 19 com as primeiras levas de imigrantes alemães. O pioneiro foi Heinrich Eller (1775-1840), natural de Ober-Högern, Hessen, Alemanha, vindo com a esposa e cinco filhos para o Rio de Janeiro a bordo do veleiro Argos em janeiro de 1824. A família se estabeleceu na casa 80, em Nova Friburgo.
Entre algumas personalidades com este nome de família, destacamos a cantora Cássia Eller (1962-2001).