Sobrenome toponímico ibérico com origem no latim iuncos, junco, “planta de talos flexíveis que cresce em uma área alagada ou úmida”. Em catalão, joncar (do latim iuncaria), “junqueira”. O nome de família apresenta mais de uma forma: além de Junqueira, temos Junquera, Junqueras, Junquero, entre outras.
No Brasil, há mais de uma família com este sobrenome sem que haja ligação alguma entre elas. Uma de grande destaque é a que descende do português João Francisco Junqueira (1727-1819), que chegou ao Brasil em meados do século 18, adotando como sobrenome a localidade de origem, Junqueira, no município de Vila do Conde. Foi pai do pecuarista Gabriel Francisco Junqueira (1782-1868), o barão de Alfenas.
Entre algumas personalidades com este sobrenome destacamos o ator Caio Junqueira (1976-2019) e o jornalista e poeta Ivan Junqueira (1934-2014).