Sobrenome ibérico com origem não esclarecida. Em espanhol, a forma é Mendaña.
Alguns etimologistas acreditam que possa ter a mesma raiz do nome próprio Mendo, a forma reduzida de Menendo, muito popular entre os séculos 9 e 12. Menendo viria do latim monendus, de monere, “advertir”, “lembrar”, ou, mais aceito entre os estudiosos, de Merendus, “que há de ser merecedor” (de mereri, “merecer”, “ser digno de algo”). Como apelido, as formas arcaicas de Mendanha são “Abendanho” e “Bendanha”.
O nome mais antigo conhecido é o de João de Mendanha, que viveu em Biscaia, no País Basco, Espanha, nos anos de 1430. De seu casamento com dona Brites da Fonseca nasceram Pedro e Francisco de Mendanha, que migraram para Portugal. Outro nome conhecido é o de Luís de Mendanha, fidalgo das Astúrias que morou em Paredinhas no tempo de dom João II de Castela (1405-54).
O sobrenome chegou ao Brasil no século 17. Entre os pioneiros está o capitão João Cordeiro de Mendanha, ajudante de ordens do governador João Fernandes Vieira (1613-81), que lutou contra os holandeses em Pernambuco.
Entre algumas personalidades com este nome de família destacamos o músico Joaquim José Mendanha (1801-85).